Право пользования недрами с целью разработки месторождения Джеруй велось ЗАО «Джеруйалтын» на основании лицензия № 639 АЕ от 19 июля 2006 года. В соответствии с лицензионным соглашение №2 выданным 27 июля 2007 года предусматривалась программа строительства горно-обогатительного комбината, где пунктом 3.1. указано, что ЗАО «Джеруйалтын» завершает строительство комбината, до стадии готовности, обеспечивающей начальную добычу золота к 1 ноября 2008 года.

В связи с необходимостью составления переработанного проекта, с учетом горных и экологических требований в октябре 2008 года компания «Джеруйалтын» обратилась в Государственное агентство по геологии и минеральным ресурсам с просьбой продлить действие лицензионного соглашения №2. Необходимо отметить, что невыполнение лицензионного соглашения №2 предусматривает изъятие лицензии. 

23 октября 2008 года ЗАО «Джеруйалтын» было выдано лицензионное соглашение №3, которое пролонгировало действие лицензии на разработку месторождения Джеруй за № 639 АЕ. В новом соглашении пунктом 3.1. была обозначена необходимость завершения проектирования всех объектов горно-обогатительного комбината и согласование проектной документации в соответствии с законодательством КР до1октября 2009 года. Пункт 3.2. предусматривал завершение строительства всех объектов горно-обогатительного комбината до 1 ноября 2010 года, при вложении капитальных затрат на строительство в 200 млн. долларов, согласно ТЭО целесообразности.

Цель данного соглашения — получить к 2010 г. первые 80 кг. золота, к 2011 г. уже 950 кг. золота, а начиная с 2012 г. выйти на производственные мощности порядка 3,2 тонны золота.

При выдаче лицензионного соглашения №3, т.е. продлении лицензии № 639 АЕ, с «Джеруйалтын» было составлено соглашение, по которому данная компания выплачивает правительству Кыргызской Республики 5 млн. долларов, равными долями ежеквартально. Первый платеж был произведен 23 октября 2008 года, после чего были произведены 2 платежа в 2009 году.

1 октября 2009 года в связи с невыполнением пункта о завершении строительства горно-обогатительного комбината, в соответствии со всеми согласованиями и экспертизами лицензия ЗАО «Джеруйалтын» № 639 АЕ должна была быть аннулирована и изъята.

Но 1 октября 2009 г. в Госагентство по геологии и минеральным ресурсам КР обратился Фонд развития КР, который сообщил о том, что готов взять в управление 60% доли собственности «Джеруйалтын». Основание сделки — письменное обращение австрийской компании «Global Gold Holding Gmbh» владеющей 60% акций «Джеруйалтын» в Фонд Развития. В настоящее время Фонд развития ведет консультации о приобретении оставшихся 40% акций «Джеруйалтын», находящихся в собственности ОАО «Кыргызалтын».

В своем письме к Госгеологоагентству КР Фонд развития просил не аннулировать лицензию. В соответствии с законодательством КР невыполнение условий лицензионного соглашения ведет к лишению лицензии. Учитывая то, что Фонд развития получит 100% доли собственности «Джеруйалтын», а значит, весь пакет акций данного золоторудного месторождения будет принадлежать Правительству КР, Госгеологоагентство КР сторнировало действие лицензии № 639 АЕ.

На сегодня лицензия № 639 АЕ проблемная. Вопрос о ее пролонгации или аннулировании будет решаться после передачи официального заверения Фонда развития о владении 100% акций «Джеруйалтын». Данное решение будет выноситься на основании консультаций с Правительством КР.

Также, за невыполнение пунктов лицензионного соглашения была аннулирована лицензия ЗАО «Джеруйалтын» на геологическое изучение вокруг месторождения Джеруй за № 640 АП от 10 ноября 2008 года.

В настоящий момент в Правительство КР и Госагентство по геологии и минеральным ресурсам обратилось восемь компаний заинтересованных в разработке месторождения Джеруй. Среди них следует отметить, компанию «Centerra Gold Inc» — разработчика месторождения Кумтор, крупнейшую золотодобывающую компанию «Голдфилд», ведущие российские компании ОАО «Полюс Золото» и «АЛРОСА» и др.

Вопрос о пролонгации или окончательном аннулировании лицензии на разработку Джеруй будет решаться Правительством КР по результатам предложений Фонда развития КР и переговоров с компаниями заинтересованными в разработке данного месторождения и предложившим наилучшие экономические условия для Кыргызстана. По сути дела, Правительством КР в лице Фонда развития КР будет проводиться экономический конкурс на разработку месторождения Джеруй.